La Agencia del Medicamento nació como un organismo autónomo. Fue creada por la Ley 66/1997, de 30 de diciembre, de Medidas Fiscales, Administrativas y de Orden Social, para gestionar la intervención estatal en torno al medicamento.



Con el paso de los años, se ha puesto de manifiesto que la tarea especializada y compleja que desarrolla la Agencia, y la inmediatez con que debe asumir las decisiones europeas, desborda el marco de la misma como organismo autónomo y necesita de una fórmula de gestión mucho más flexible y ágil para resolver problemas de naturaleza técnico-presupuestaria, económico-financiera y de gestión de personal, fórmula que únicamente ofrece la técnica organizativa de la Agencia estatal, y que regula la Ley 28/2006, de 18 de julio, de Agencias estatales para la mejora de los servicios públicos.



Por estas razones se dispone la transformación de la AEMPS en una agencia estatal. Esta nueva estructura organizativa para la AEMPS, va dirigida a mejorar la eficiencia de la organización, incrementando las garantías de protección de la salud pública mediante una estructura organizativa más eficaz, de más calidad y con más transparencia.