El Ministerio de Sanidad y la Dirección de la Agencia Española de Medicamentos (Aemps) reconocen la "situación estructural" y el déficit de personal que denuncian los trabajadores de la Agencia, lo cual es motivo de "preocupación". Esta problemática se centra en la alta rotación, la insuficiencia de efectivos y la falta de una carrera profesional estable. Sanidad ha señalado que el marco de puestos actual es "insuficiente para el nivel de cualificación profesional y responsabilidad" exigido, generando una "movilidad descompensada" y provocando la pérdida de conocimiento (descapitalización) de la Agencia, dado que más del 70 % de la plantilla tiene menos de cinco años de antigüedad. Las recientes movilizaciones de los trabajadores han actuado como catalizador de esta preocupación compartida.

Para responder a las necesidades a corto y medio plazo de la Aemps mientras se ejecuta una reforma profunda de la Relación de Puestos de Trabajo (RPT), el Ministerio de Sanidad está preparando un nuevo contrato de gestión. Este instrumento, previsto en la normativa de agencias estatales, permitirá planificar objetivos y recursos (humanos y financieros) plurianualmente, y no supone una externalización de funciones, sino una justificación interna de los medios necesarios. El contrato busca asegurar la capacidad de la Aemps para atender nuevas responsabilidades, como las derivadas del Reglamento europeo de HTA y el Real Decreto de Evaluación de Tecnologías Sanitarias, además de fortalecer sus funciones propias en evaluación, vigilancia e investigación clínica. Actualmente, el contrato se encuentra en fase de definición técnica de sus elementos esenciales.